دوره NGS بالینی (Clinical NGS)
آنالیز دادههای whole exome sequencing
- مدرس دوره:
فاطمه نبیزاده
فاطمه نبیزاده
معرفی دوره:
ویژگیهای دوره NGS بالینی
دوره NGS بالینی دارای گواهی پایان دوره است و گواهی به تمامی فراگیرانی که دوره را به صورت کامل سپری نمایند اعطا خواهد شد. به منظور ارائه گواهی به فراگیران تلاش شده از جدیدترین فناوری روز دنیا استفاده شود. گواهی شامل دو بخش PDF و الکترونیکی است که گواهی PDF از طریق لینک به سایت گروه وانیار متصل است. گواهی الکترونیکی تایید امنیتی برای گواهی PDF است و اطلاعات کاملی را در مورد کاربر ارائه میدهد.
توصیهنامه الکترونیکی دوره شامل تمامی مهارتهای آنالیزی است که شرکتکنندگان در دوره NGS بالینی در حین سپری کردن دوره کسب خواهند نمود. با توجه به این موضوع که پایپلاین آنالیز NGS بالینی برای دادههای WES مطابق با استانداردهای بینالمللی است، کاربران تمامی مهارتهای استاندارد لازم را کسب نموده و در توصیهنامه آنها این مهارتها دقیق قید خواهد شد.
آنالیز دادههای NGS مهارتی حساس و دقیق است. آنالیزور دادههای NGS با چالشهای گوناگونی مواجه خواهد شد و این موضوع در مورد دادههای WES که عمدتا دادههای بالینی بیماران است از حساسیت بالاتری برخوردار میباشد. در دوره NGS بالینی وانیار، امکان منتورینگ برای تمامی شرکتکنندگان فراهم شده تا بتوانند با خیالی آسوده مسیر یادگیری را طی نمایند.
شرکتکنندگان در دوره NGS بالینی از پشتیبانی ۲۴ ساعته در ۷ روز هفته برخوردار هستند. تیم پشتیبانی وانیار در تمام ساعت شبانه روز آماده پاسخگویی به کاربران دوره NGS بالینی میباشند.
دورههای گروه بیوانفورماتیک وانیار مهارت محور هستند. به منظور تکمیل فرآیند یادگیری و افزایش مهارتهای شرکتکنندگان در دوره NGS بالینی، تمرینهای عملی از کیسهای واقعی در نظر گرفته شده است. شرکتکنندگان در دوره NGS بالینی پس از مشاهده هر جلسه باید کامندنویسی انجام دهند، فایل NGS بیماران را آنالیز نموده و نتایج آنالیز را به مدرس گزارش نمایند. تکمیل تکالیف برای دریافت گواهی پایان دوره و توصیهنامه الکترونیکی ضروری است.
علاقهمندان به شرکت در دوره NGS میتوانند با پرداخت قسطی در دوره ثبتنام کنند.. در صورت تمایل به پرداخت اقساطی، کاربر در صفحه تسویه حساب باید نوع درگاه را گزینه پرداخت هوشمند دیجی پی انتخاب نماید.
پیشنیازهای دوره NGS بالینی
شرکتکنندگان در دوره NGS بالینی – آنالیز دادههای WES، نیازمند آشنایی با مفاهیم پایهای بیوانفورماتیک هستند. از جمله مهارتهای مورد نیاز میتوان به موارد زیر اشاره نمود:
- اصول استفاده از الگوریتمهای الاینمنت
- آشنایی با اصول و کاربرد پایگاه دادههای زیستی
- شیوه بهرهگیری از الگوریتمهای پایهای بیوانفورماتیک در آنالیزهای زیستی
در صورتی که با اصول پایهای بیوانفورماتیک آشنا نیستید، جای نگرانی نیست! در دوره بیوانفورماتیک عمومی و کاربردی، تمامی مهارتهای پایهای بیوانفورماتیک به صورت کاملا عملی آموزش داده شده است. شما میتوانید به صورت همزمان دوره بیوانفورماتیک عمومی و کاربردی را در کنار دوره NGS بالینی سپری نمایید.
سرفصلهای دوره NGS بالینی
درس اول: انقلاب توالی یابی (از سنگر تا TGS)
درس دوم: مفاهیم کلیدی توالی یابی (بخش اول)
درس سوم: مفاهیم کلیدی توالی یابی (بخش دوم)
درس چهارم: تکنیک های omics مبتنی بر NGS
درس پنجم: Whole Exome Sequencing (WES)
درس اول: آشنایی با لینوکس
درس دوم: نصب و راهاندازی WSL
درس سوم: کامندنویسی (بخش اول)
درس چهارم: کامندنویسی (بخش دوم)
درس اول: آشنایی با کنترل کیفیت دیتا
درس دوم: بخش های مختلف یک ریپورت FastQC
درس سوم: آموزش عملی QC – بخش 1
درس چهارم: آموزش عملی QC – بخش 2
درس اول: الاینمنت و الاینرها در NGS
درس دوم: خروجی الاینمنت
درس سوم: آموزش عملی الاینمنت
درس اول: آنالیزهای بعد از الاینمنت
درس دوم: آنالیزهای بعد از الاینمنت (بخش عملی اول)
درس سوم: آنالیزهای بعد از الاینمنت (بخش عملی دوم)
درس چهارم: آنالیزهای بعد از الاینمنت (بخش عملی سوم)
درس اول: Genomic variations و شبیهسازی دیتا
درس دوم: Variant Calling – آشنایی با ابزارها و فایل فرمتها
درس سوم: اجرای عملی Variant Calling
درس چهارم: Variant Quality Score Recalibration (VQSR)
درس پنجم: اجرای عملی VQSR
درس اول: انوتیشن، چیستی – چرایی – چگونگی 🙂
درس دوم: دیتابیسهای مورد استفاده در انوتیشن واریانتها – بخش اول
درس سوم: آشنایی با ACMG guideline برای تفسیر واریانتهای توالی
درس چهارم: دیتابیسهای مورد استفاده در انوتیشن واریانتها – بخش دوم
درس پنجم: دیتابیسهای مورد استفاده در انوتیشن واریانتها – بخش سوم
درس ششم: استفاده از Annovar و VEP برای انوتیت کردن دیتا
درس هفتم: انوتیت کردن فایل VCF با Annovar
درس اول: معرفی Filtering و Prioritization در مسیر آنالیز دیتا
درس دوم: مروری بر الگوهای توارث
درس سوم: آنالیز دیتا بر پایه اطلاعات بالینی بیمار (بخش اول)
درس چهارم: آنالیز دیتا بر پایه اطلاعات بالینی بیمار (بخش دوم)
درس پنجم: نحوه ساخت پنل ژنی
درس ششم: آموزش کار با دیتابیسها Variant-level
درس هفتم: اجرای فیلترینگ با کامندنویسی (بخش اول)
درس هشتم: اجرای فیلترینگ با کامندنویسی (بخش دوم)
درس نهم: اجرای فیلترینگ با کامندنویسی (بخش سوم)
درس دهم: Prioritization یا اولویتبندی واریانتها
درس اول: معرفی ابزارها و نحوه نمایش دیتا
درس دوم: اجرای IGV و استفاده از آن
درس اول: چطور ریپورتنویسی کنیم؟
ثبتنام:
- همه سطحها
- 30 ساعت زمان مورد نیاز برای گذراندن دوره
- 16 ساعت ویدیو آموزشی
- 14 ساعت تمرین و پروژه
- گواهی پایاندوره با توصیهنامه الکترونیک
- پشتیبانی 24/7
- بیش از 380 عنوان شغلی مرتبط با این آموزش
- خرید اقساطی دوره با درگاه هوشمند دیجی پی فراهم شد.
درباره استاد
فاطمه نبیزاده هستم، عضو هیئت علمی و مدیر اجرایی (COO) در گروه بیوانفورماتیک وانیار 🙂
دوره کارشناسی را در رشته زیستشناسی (گرایش علوم جانوری) و کارشناسی ارشد را در ژنتیک انسانی سپری کردم.
علاقه به بیوانفورماتیک، به زندگی آکادمیک من جهت تازهای بخشید تا جایی که با تیمی دلسوز و حرفهای تصمیم به راهاندازی استارتاپ گروه بیوانفورماتیک وانیار گرفتیم…
در وانیار، تمامی تجربیات خود را بهعنوان یک پژوهشگر بیوانفورماتیک به کار گرفتهام و آنها را با افتخار به دانشجویانم منتقل خواهم کرد.
برای پیشرفتِ هم، برای وانیار
درباره دوره NGS بالینی - آنالیز دادههای Whole Exome
جایگاه و اهمیت دوره NGS بالینی
دوره جامع NGS بالینی (Clinical NGS) یک برنامه آموزشی تخصصی است که به علاقهمندان و دانشجویان حوزههای پزشکی، بیوانفورماتیک و ژنتیک، مهارتهای لازم برای استفاده از توالییابی نسل جدید (NGS) در زمینههای بالینی و پزشکی را میآموزد. این دوره، ترکیبی از مفاهیم تئوری و تکالیف عملی است که شامل بررسی تکنیکها و ابزارهای NGS، پردازش دادهها، و تحلیل واریانتها در بیماریهای ژنتیکی میشود.
در این دوره، شرکتکنندگان با مراحل مختلف فرآیند NGS آشنا میشوند، از جمعآوری نمونههای بیولوژیکی تا پردازش و تفسیر دادهها. مباحث کلیدی دوره شامل آشنایی با اصول NGS، آمادهسازی نمونهها، پیشپردازش دادهها، همترازی خوانشها (Alignment)، فراخوانی واریانتها (Variant Calling)، انوتیشن واریانتها (Variant Annotation) و گزارشدهی بالینی میباشد. همچنین، ابزارهای مختلف بیوانفورماتیکی مانند GATK، Samtools، BCFtools، IGV و FastQC برای پردازش و تحلیل دادهها مورد استفاده قرار میگیرند.
دوره شامل تکالیف عملی است که به دانشجویان کمک میکند تا با دادههای واقعی NGS کار کنند و تجربه تحلیل و تفسیر آنها را به دست آورند. این تکالیف شامل همترازی دادهها، شناسایی واریانتهای بیماریزا، فیلتر کردن واریانتها و ریپورتنویسی بالینی در بیماران است. علاوه بر این، دانشجویان یاد میگیرند که چگونه گزارشهای بالینی مبتنی بر دادههای NGS را تنظیم کرده و یافتهها را به پزشکان و متخصصان بالینی ارائه دهند.
پشتیبانی 24 ساعته در 7 روز هفته، ارائه گواهی پایان دوره معتبر و ارزیابی مستمر از دانشجویان از ویژگیهای برجسته این دوره است.
دوره NGS بالینی برای کسانی که در زمینههای ژنتیک پزشکی، بیوانفورماتیک، و پزشکی شخصیسازیشده فعالیت میکنند یا قصد ورود به این حوزهها را دارند، طراحی شده است.
در نهایت، شرکتکنندگان پس از اتمام دوره، قادر خواهند بود از NGS در تشخیص بیماریها، شناسایی واریانتهای ژنتیکی مرتبط با بیماریهای وراثتی و مشاورههای ژنتیکی در محیطهای بالینی استفاده کنند.
مخاطبین دوره NGS بالینی
NGS از دادههای مهم و مرکزی در حوزههای مختلف علوم زیستی است. در حال حاضر ما در عصر پساژنوم و مالتیاومیک به سر میبریم و توانایی آنالیز دادههای NGS برای متخصصین گرایشهای مختلف علومزیستی ضروری است.
با توجه به موارد یاد شده، مخاطبین دوره NGS بالینی ـ آنالیز دادههای WES، طیف گستردهای از متخصصین گرایشهای مختلف زیستشناسی، پزشکی، پیراپزشکی، داروسازی، دامپزشکی، کشاورزی و محیطزیست هستند.
الزامات در دوره Clinical NGS
شرکت کنندگان دوره باید موارد زیر را رعایت نمایند که بتوانند گواهی پایان دوره و توصیهنامه الکترونیکی وانیار را برای دوره NGS بالینی ـ آنالیز دادههای WES دریافت نمایند.
مشاهده تمامی جلسات دوره و تکمیل آنها
انجام درست تکالیف و ارسال نتایج برای مدرس دوره
شرکت در آزمون و دریافت نمره قبولی
مهارتهای کسبشده
گروه بیوانفورماتیک وانیار دارای پیشینهای درخشان در زمینه آنالیزهای NGS است و به واسطهی تجربهای که در این سالها از آنالیزهای مختلف کسب کردهایم، دوره حاضر آمادهسازی و منتشر شده است.
در دوره حاضر تلاش شده تمامی مهارتهای مورد نیاز که یک آنالیزور NGS برای حضور در صنعت و بالین به آنها نیاز دارد، به صورت کاملا عملی و گامبهگام آموزش داده شود.
شرکت کنندگان در دوره NGS بالینی مهارتهای زیر را کسب خواهند نمود:
شناخت روشهای توالییابی نسل جدید (NGS): درک عمیق اصول و تکنیکها.
مدیریت دادهها: تسلط بر فرمتها، ساختارها و منابع دادهای معتبر.
کامندنویسی لینوکس: پیادهسازی دستورات در محیط بالینی.
کنترل کیفیت (QC): پایش و ارزیابی سلامت دادههای خام و پردازششده.
همردیفسازی (Alignment): تنظیم بهینه دادهها با ژنوم رفرنس.
پردازشهای تکمیلی: اجرای آنالیزهای Post-alignment
آنالیز واریانتها (WES): اجرای Variant Calling و Annotation دقیق.
فیلترینگ هوشمند: استراتژیهای اولویتبندی و غربالگری واریانتها.
مصورسازی (Visualization): نمایش گرافیکی دادهها با ابزارهای رایج.
گزارشنویسی بالینی: تدوین گزارشهای استاندارد ژنتیکی برای پزشک و بیمار.
سوالات متداول در مورد دوره NGS بالینی
برای شرکت در دوره شما میتوانید بر روی گزینه ثبتنام بزنید و در دوره شرکت نمایید. تا یک ساعت پس از ثبتنام لایسنس دوره به همراه شیوه استفاده از راهنمای سامانه آموزشی وانیار برای شما ارسال خواهد شد.
بله، به تمامی شرکت کنندگان که الزامات دوره را در بازه 10 ماه به پایان برسانند، گواهی پایان دوره بینالمللی به همراه توصیهنامه الکترونیکی ارائه خواهد شد. گروه بیوانفورماتیک وانیار از تکنولوژیهای روز دنیا جهت صدور گواهیها (غیر قابل جعل) استفاده مینماید.
مدت زمان پشتیبانی دوره 10 ماه هست که برای هر دانشجو از زمان ثبتنام به صورت خودکار درنظر گرفته میشود. در مدت زمان پشتیبانی کاربران باید تکالیف را انجام دهند و دوره را تکمیل نمایند تا گواهی پایان دوره و توصیه نامه الکترونیکی دریافت نمایند.
بله، دسترسی به محتوای آموزشی پس از پایان زمان پشتیبانی وجود دارد. دسترسی به محتوای آموزشی در صورت قدیمی شدن محتوا به پایان خواهد رسید.
بله، فراگیران برای شرکت در دوره NGS باید با مفاهیم و اصول بیوانفورماتیک آشنا باشند، بنابراین دوره بیوانفورماتیک عمومی و کاربردی پیشنیاز ورود به دوره NGS است. همچنین کاربران میتوانند هر دو دوره را به صورت هم زمان سپری نمایند.
بله، شما میتوانید در مراحل ثبتنام و پس از ورود به صفحه تسویه حساب، درگاه پرداخت هوشمند اقساطی دیجی پی را انتخاب نمایید.
در صورتی که در دیجی پی حساب ندارید، میتوانید از طریق سایت دیجی پی نرمافزار را دانلود کرده و سپس با کد ملی و شماره موبایل خود ثبتنام کنید. به اغلب افراد در ابتدا یک اعتبار 4 میلیون تومانی برای خرید اقساطی اختصاص داده میشود.
بله، دوره NGS وانیار حاصل سال ها تجربه آنالیز کیس های NGS در گروه بیوانفورماتیک وانیار هست، در تمامی مراحل آنالیز ما از ابزارهای اوپن سورس استفاده میکنیم و تمامی کدهای استفاده شده در آنالیز دادههای WES به شما آموزش داده میشود. شما پس از سپری کردن این دوره میتوانید به صورت مستقل یک استارتاپ در زمینه آنالیز دادههای WES راه اندازی نمایید.
با توجه به این مورد که دوره NGS بالینی در سطح پیشرفته برگزار میگردد، از ابزارهای اوپن سورس که در خط فرمان اجرا میشوند برای آموزش استفاده شده. ابزارهای گرافیکی آنالیز داده NGS دارای محدودیتهای ذاتی هستند که کدنویسی به این محدودیتها غلبه میکند.
خیر، به شما آموزش داده میشود که چطور بدون سیستم محاسباتی تمامی کامندهای سنگین را اجرا کنید. فراگیران دوره NGS بالینی میتوانند با یک گوشی موبایل هوشمند هم در دوره شرکت کنند و تمامی مراحل و کدها را اجرا و خروجیها را دریافت نمایند.
بله، کاربر میتواند از حساب کاربری خود در سایت تیکت ارسال کرده و آن را تمدید نماید.
- همه سطحها
- 30 ساعت زمان مورد نیاز برای گذراندن دوره
- 16 ساعت ویدیو آموزشی
- 14 ساعت تمرین و پروژه
- گواهی پایاندوره با توصیهنامه الکترونیک
- پشتیبانی 24/7
- بیش از 380 عنوان شغلی مرتبط با این آموزش
- خرید اقساطی دوره با درگاه هوشمند دیجی پی فراهم شد.
برخی فناوری های مورد استفاده در گروه بیوانفورماتیک وانیار
امکان خرید اقساطی دوره با درگاه دیجی پی
سبدخرید