Molegro Molecular Viewer نرم‌افزاری قوی برای مصورسازی پروتئین

زمان تخمینی مطالعه: 6 دقیقه

معرفی نرم‌افزار Molegro Molecular Viewer

Molegro Molecular Viewer یک نرم‌افزار قوی و سبک برای بصری‌سازی فایل‌ ماکرومولکول‌های زیستی و ریز مولکول‌های شیمیایی است.

این نرم‌افزار توسط شرکت معروف CLC Bio توسعه پیدا کرده است و در کنار نرم‌افزار Molegro Virtual Docker برای پروژه‌های تحقیقاتی در حوزه شیمی دارویی و طراحی دارو مورده استفاده قرار می‌گیرد. نرم‌افزار MMV به صورت رایگان در دسترس می‌باشد.

در پروژه‌های طراحی دارو یکی از مهمترین بخش‌ها بصری‌سازی مولکول‌ها و بررسی برهمکنش ریز مولکول‌ها با رسپتور مورد نظر است. MMV نرم‌افزاری قدرمند برای استفاده در هر دو بخش یاد شده است.

فیلم آموزش نرم‌افزار Molegro Molecular Viewer

کلیک کنید

دانلود نرم‌افزار Molegro Molecular Viewer

نرم‌افزار MMV برای دو سیستم‌عامل ویندوز و لینوکس در دسترس است:

رمز فایل: www.vanyarbioinf.ir

کاربرد‌های نرم‌افزار Molegro Molecular Viewer

نرم‌افزار MMV یک نرم‌افزار قوی با امکانات متعدد می‌باشد که این ویژگی‌ها را به صورت رایگان در اختیار کاربران خود قرار داده است.

در این جا به برخی از موارد مهم و پرکاربرد نرم‌افزار MMV اشاره خواهیم نمود:

مصور‌سازی ساختار سه‌بعدی ماکرومولکول‌های زیستی همچون پروتئین‌ها و نوکلئیک‌اسیدها

آماده سازی لیگاند و رسپتور با Molegro Molecular Viewer

مشاهده ساختار دوم پروتئین

مشاهده برهمکنش بین لیگاند و رسپتور

مصور‌سازی ساختار ماکرومولکول‌های زیستی

نرم‌افزار Molegro Molecular Viewer یک نرم‌افزار قوی و مناسب برای مصورسازی فایل‌های PDB است. در بسیاری از موارد پس از انجام مدل‌سازی و تعیین ساختمان پروتئین برای مشاهده فایل ساختاری نیاز به یک نرم‌افزار مناسب است.

نرم‌افزار Molegro Molecular Viewer این امکان را برای شما فراهم می‌نماید تا به‌سادگی نتایج مدل‌سازی خود را به صورت بصری مشاهده و بررسی نمایید.

آماده سازی لیگاند و رسپتور با Molegro Molecular Viewer

یکی از ویژگی‌های بسیار خوبه نرم‌افزار Molegro Molecular Viewer امکان تغییر و ویرایش فایل‌های مولکولی است. به طور مثال می‌توان یک فایل PDB دانلود شده از پایگاه PDB یا AlphaFold را در این نرم‌افزار به راحتی ویرایش نمود.

در ابتدا فایل PDB را در نرم‌افزار MMV باز ‌می‌کنیم، این کار را می‌توان از زبانه فایل انجام داد، سپس طبق مراحل زیر برای آماده‌سازی لیگاند و رسپتور عمل می‌کنیم.

جداسازی رسپوتر از لیگاند و مولکول‌های آب

پس از باز کردن فایل در نرم‌افزار به زبانه File رفته و گزینه Export را انتخاب نمایید در پنجره باز شده می‌توانید تیک مولکول‌های آب و لیگاند‌ها را غیر فعال کنید و سپس با زدن گزینه Export رسپوتر در پوشه مورد نظر به فرمت PDB ذخیره نمایید.

دقت نمایید که حین Export می‌توانید کوفاکتورهای آنزیمی را از فایل حذف نکنید. این امکان وجود دارد که از طریق این روش زیر واحد‌های مختلف یک پروتئین را نیز از هم جدا نمود.

جداسازی لیگاند از پروتئین و مولکول‌های همراه

در بسیاری از موارد نیاز است که لیگاند همراه پروتئین به عنوان کنترل مثبت در داکینگ مولکولی استفاده شود.

می‌توان ساختار لیگاند را از پروتئین یا سایر ترکیبات کوکریستال به راحتی جدا نمود.

ابتدا فایل PDB را در نرم‌افزار Molegro Molecular Viewer مشابه توضیحات قبلی از زبانه فایل Export می‌کنیم، این بار در پنچره باز شده تیک همه مولکول‌ها به جز لیگاند را غیر فعال می‌کنیم. برای ذخیره فایل می‌توانیم از فرمت‌های SDF و یا Mol2 استفاده نماییم.

پیشنهاد: اگر به بیوانفورماتیک پروتئین‌ها علاقمند هستی میتونی در دوره بیوانفورماتیک پروتئین‌ها شرکت کنی. دوره بیوانفورماتیک پروتئین یک دوره جامع و کاربردی برای کسب آمادگی در زمینه کار با پروتئین‌ها هست.

ثبت‌نام در دوره بیوانفورماتیک پروتئین

مشاهده ساختار دوم پروتئین

در بسیاری از موارد نیاز است که مشارکت هر آمینواسید در شکل‌های مختلف ساختمانی چون آلفا هلیکس و صفحات بتا بررسی شود. نرم‌افزار MMV امکان  بررسی ساختمان دوم پروتئین‌ها را از فایل PDB برای ما فراهم کرده است.

ابتدا فایل PDB پروتئین مورد نظر را در نرم‌افزار MMV باز ‌میکنیم سپس به زبانه Tools رفته و از بخش Sequnce Viewer می‌توانیم اقدام به بررسی ساختار دوم پروتئین در طول توالی آمینواسیدی کنیم.

مشاهده برهمکنش بین لیگاند و رسپتور

یکی از بخش‌های مهم در پروژه‌های طراحی دارو ارزیابی برهمکنش بین لیگاند‌ها با رسپتور پروتئینی است. نرم‌افزار MMV یک نرم‌افزار مناسب برای ارزیابی و مصور‌سازی دو بعدی برهمکنش بین لیگاند‌ها با رسپتور است.

نتایج حاصل از داکینگ را می‌توان به نرم‌افزار MMV وارد نمود و نقشه برهمکنش را با استفاده از زبانه Ligand Map بررسی نمود.

نیاز‌های سخت‌افزاری نرم‌افزار

سکوهای قابل نصب: نرم‌افزار MMV بر روی سیستم عامل‌های لینوکس و ویندوز قابل نصب است.

پردازنده: حداقل پردازنده (CPU) مورد نیاز Intel Cor i3 2 GHz

حافظه: حداقل میزان حافظه (RAM) 4 گیگابایت

نتیجه‌گیری

در این مقاله به معرفی نرم‌افزار Molegro Molecular Viewer که یک نرم‌افزار قوی برای بصری‌سازی مولکول‌های مختلف است پرداختیم. امکانات متعدد این نرم‌افزار سبب شده که کاربر از نصب نرم‌افزارهای مختلف آسوده باشد.

این نرم‌افزار توسط گروه CLC Bio طراحی و توسعه پیدا کرده است که نرم‌افزارهای گوناگونی را در زمینه بیوانفورماتیک ارائه نموده‌اند.

توصیه تیم تولید محتوای گروه بیوانفورماتیک وانیار استفاده از این نرم‌افزار کاربرپسند و رایگان است. خوش‌حال میشیم که تجربه کاربری خودتون از این نرم‌افزار رو در بخش نظرات با ما به اشتراک بگذارید.

سوالات متداول

پیشنهاد: دوره بیوانفورماتیک عمومی یک فرصت عالی برای افزایش فرصت‌های شغلی و تحقیقاتی در بخش‌های مختلف علوم‌زیستی است.

ثبت‌نام در دوره بیوانفورماتیک عمومی