فرشاد قلعهخانی
دوره بیوانفورماتیک پروتئین یک دوره جامع است که به صورت کارگاه عملی منتشر شده. در این دوره تمامی مباحث مورد نیاز برای مطالعه و آنالیز یک پروتئین آموزش داده میشود. بیوانفورماتیک پروتئین یک پیشنیاز اصولی برای ورود به دنیای طراحی دارو و واکسن است.
دوره حاضر دارای ده سرفصل میباشد. دو آزمون در دوره برگزار خواهد شد. از مهمترین ویژگیهایی که این دوره را متمایز میکند ارائه تمرینهای عملی در طول دوره به فراگیران میباشد. تکالیف توسط مدرس دوره بررسی و نکات مربوطه به فراگیران اطلاع داده خواهد شد.
دوره از پشتیبانی 24/7 برخوردار است. در طول دوره فراگیران از پشتیبانی ویژه گروه وانیار برخوردار هستند. این آموزش به شکل یک کارگاه عملی توسط فرشاد قلعهخانی، مدرس و محقق گروه بیوانفورماتیک وانیار تدریس شده است.
گواهی پایان دوره با لینک تایید دائمی از سایت گروه بیوانفورماتیک وانیار با مشخصات کاربر صادر میشود، این گواهی شامل یک فایل PDF غیرقابل هک و رمزگذاری شده است که برای اعتبارسنجی از طریق QR Code و لینک تایید به سایت گروه بیوانفورماتیک وانیار متصل میشود. گواهی الکترونیکی کاربر با تصویر و مهارتهای کسب شده از طریق لینک قابل مشاهده است.
توصیهنامه الکترونیک شامل سرفصلهای سپری شده در دوره و مهارتهای کسب شده توسط کاربر است که در ادامهی گواهی الکترونیکی در سایت وانیار برای کاربران پس از اتمام دوره صادر میشود.
در طول برگزاری دوره دانشجو از خدمات منتورینگ برخوردار است. خدمات منتورینگ به معنی برخورداری دانشجو از راهنمایی و پشتیبانی استاد دوره در مدت زمان پشتیبانی از دوره است. این خدمات شامل پاسخگویی به سوالات آموزشی (در قالب تیکتینگ)، تصحیح آزمونها یا پروژههای دوره بیوانفورماتیک پروتئین و ارائه باز خورد موثر به دانشجو میباشد.
دوره بیوانفورماتیک پروتئین داری پشتیبانی 24 ساعته در هفت روز هفته است، تیم پشتیبانی آماده پاسخگویی به سوالات فراگیران و رفع مشکلات موجود است. مدرس دوره نیز آماده پاسخگویی به سوالات دانشجویان از طریقه سامانه پشتیبانی گروه وانیار است.
دوره بیوانفورماتیک پروتئین یک دوره عملی به شکل کارگاه تعاملی است و در بسیاری از جلسات تمرینهایی برای دانشجویان در نظر گرفته شده که دانشجو موظف به انجام پروژهها و ارسال تکالیف برای مدرس دوره است.
علاقمندی به یادگیری بیوانفورماتیک مهمترین پیشنیاز برای ورود به این دوره است. دوره بیوانفورماتیک پروتئین هرچند به صورت تخصصی به بحث بیوانفورماتیک پروتئینها میپردازد، اما پیشنیاز خاصی ندارد. این دوره برای تمامی افرادی که در حوزه کار با مولکولهای پروتئینی فعال هستند، بسیار مفید خواهد بود.
آشنایی عمومی با مفاهیم کامپیوتر و زیستشناسی از ملزومات این دوره است. همچنین این دوره یک پیشنیاز اصولی برای ورود به دنیای طراحی دارو، مهندسی پروتئینها و طراحی واکسن است.
جلسه اول: واحدهای ساختمانی پروتئینها معرفی و طبقهبندی آمینواسیدها
جلسه دوم: مروری بر برخی ویژگیهای آمینواسیدها
جلسه سوم: بیوسنتز پپتید و پروتئین
جلسه چهارم: روشهای آزمایشگاهی کار با پروتئینها
جلسه اول: پایگاه دادههای پروتئین (قسمت اول)
جلسه دوم: پایگاه دادههای پروتئین (قسمت دوم)
جلسه سوم: مروری بر بلاست پروتئین (Protein BLAST)
جلسه اول: مروری بر سطوح ساختمانی پروتئین
جلسه دوم: بررسی ساختمان اول پروتئین (قسمت اول)
جلسه سوم: بررسی ساختمان اول پروتئین (قسمت دوم)
جلسه اول: بررسی ساختمان دوم پروتئین
جلسه دوم: طبقهبندی پروتئینها
درس اول: روشهای تعیین ساختمان پروتئین
درس دوم: معرفی و نحوه استفاده از پایگاه PDB
درس سوم: معرفی و نحوه استفاده از پایگاه AlphaFold
آزمون میان ترم دوره بیوانفورماتیک پروتئین
درس اول: تعیین ساختمان پروتئین با روش همولوژی (بخش اول)
درس دوم: تعیین ساختمان پروتئین با روش همولوژی (بخش دوم)
درس سوم: تعیین ساختمان پروتئین با روش همولوژی (بخش سوم)
درس اول: تعیین ساختمان پروتئین با روش بندکشی
درس دوم: مصورسازی فایل PDB با نرمافزار MMV
درس سوم: مصورسازی فایل PDB با نرمافزار DS Visualizer
درس اول: تعیین ساختمان پروتئین با روش Ab initio (بخش اول)
درس دوم: تعیین ساختمان پروتئین با روش Ab initio (بخش دوم)
درس سوم: تعیین ساختمان پروتئین با روش Ab initio (بخش سوم)
درس اول: تعیین ساختمان پروتئین با روشهای ترکیبی (بخش اول)
درس دوم: تعیین ساختمان پروتئین با روشهای ترکیبی (بخش دوم)
درس اول: بهبود ساختمان پروتئین
درس دوم: ارزیابی کیفیت ساختمان پروتئین
آزمون پایانی دوره بیوانفورماتیک پروتئین
فرشاد قلعهخانی هستم عضو هیئت علمی و مدیر فناوری (CTO) گروه بیوانفورماتیک وانیار 🙂
علاقهی من به زیستشناسی از دوران تحصیلات متوسطه شروع شد و حاصل این علاقه انتخاب رشته زیستشناسی در دانشگاه بود، دوره کارشناسی خودم را در رشته زیستشناسی جانوری سپری کردم. در هنگام ورود به دوره کارشناسی ارشد امکان انتخاب رشتههای فیزیولوژی، زیستشناسی سلولیتکوینی، بیوسیستماتیک جانوری و آناتومی پزشکی را داشتم که به دلیل علاقه شدیدم به تکامل و اصول بنیادین زیستشناسی رشته بیوسیستماتیک جانوری را انتخاب نمودم. پایاننامه کارشناسی ارشد خودم را در حوزه فیلوژنی میگوهای آبشیرین با درجه عالی سپری کردم. علاقهی من به بیوانفورماتیک از انتهای دوره کارشناسی شروع شد و به صورت حرفهای هر روز زمانی را به یادگیری بیوانفورماتیک اختصاص دادهام که این یادگیری همچنان ادامه دارد. در وانیار، تمامی تجریبات خود را بهعنوان یک پژوهشگر بیوانفورماتیک به کار گرفتهام و آنها را با افتخار به دانشجویانم منتقل خواهم کرد.
یکی از اساسیترین جنبههای زیستشناسی در سالهای اخیر بیوانفورماتیک بوده که در زمینههای متنوعی از زیستشناسی گسترش پیدا کرده است.
پروتئینها به عنوان اصلیترین مولکولهای عملکردی سلول و ساختارهای مختلف حیات شناخته میشوند. در اکثر پروژههای علومزیستی از پایهایترین تحقیقات در حوزههای میکروبیولوژی، فیلوژنی، گیاهشناسی و جانورشناسی تا کاربردیترین روشهای درمان در حوزههای پزشکی، داروسازی و دامپزشکی اغلب یک یا چند پروتئین را در کانون توجه قرار دادهاند.
گسترهی بزرگی از فناوریهای مبتنی بر زیستشناسی همچون: بیوتکنولوژی، نانوبیوتکنولوژی و بیومتریال با ماکرومولکولهای پروتئینی در ارتباط هستند.
با توجه به اهمیت پروتئینها و جایگاه ویژهی کاربردهای بیوانفورماتیک در صنعت، تحقیقات و سلامت بر آن شدیم تا دوره بیوانفورماتیک پروتئین را به صورت گامبهگام و کاربردی برای فراگیران و علاقهمندان به این حوزه تهیه و منتشر کنیم.
ویژگی مهم و منحصر بهفرد این دوره حل تمرینهای کاربردی زیر نظر مدرس میباشد. حل تمرین در هر دورهی آموزشی یک مرحله مهم در تکمیل فرآیند یادگیری است. در دوره بیوانفورماتیک پروتئین درسهای عملی دارای تمرینهایی هستند. فراگیران باید تمرینها را که در اتاق هر جلسه موجود است دانلود کرده و تکمیل نمایند.
فراگیران سپس تمرینهای حل شده را به ایمیل دوره ارسال میکنند تا مدرس بررسی کرده و نکات لازم را به هر فراگیر اطلاع دهد. بررسی تمرینها توسط مدرس، به فراگیران کمک میکند تا بهخوبی با نکات تجربی آشنا شوند و فرآیند یادگیری خود را تکمیل کنند.
مهمترین بخش دوره از دید گروه بیوانفورماتیک وانیار بخش پشتیبانی است، به همین دلیل برای کاربران امکانات متعددی را در نظر گرفتهایم.
در اتاق درسها آیکون چت آنلاین موجود است، فراگیران میتوانند سوالات خود را از این بخش برای تیم پشتیبانی وانیار ارسال کنند.
همچنین گزینه چت آنلاین سایت، امکان ارسال پیام صوتی را نیز فراهم میکند. کافی است که گزینه صدا را فشار دهید و پیام خود را به صورت صوتی ضبط و ارسال نمایید. امکان ارسال فایل پیوست نیز در چت آنلاین وجود دارد.
راه ارتباطی دیگر، ارسال تیکت پشتیبانی از حساب کاربری است. به پیشخوان کاربری خود وارد شوید و از بخش پشتیبانی، تیکت پشتیبانی ارسال کنید. همچنین در صفحه تماس با ما، راههای ارتباطی دیگری با گروه بیوانفورماتیک وانیار موجود است.
مفهوم امتحان برای دانشجوها همیشه با استرس همراه بوده ولی ما در LMS اختصاصی گروه وانیار امکان برگزاری آزمونهای جذاب را برای کاربران فراهم کردهایم. در این آزمونها مهمترین هدف یادگیری همراه با آزمودن است، فراگیر ضمن مرور مطالب آموزشی فرآیند یادگیری خود را کامل میکند. این آزمونها فاقد سوالات کنکوری و شبهدار میباشد.
سوالاتی که در آزمون مطرح میشوند به نوعی چالشهایی هستند که کاربران در شرایط واقعی با آنها مواجه خواهند شد. بنابراین برای آزمونها جای هیچگونه نگرانی نیست و آزمونهای موجود در این دوره یک مرحله برای یادگیری بیشتر مخاطبین دوره است.
تلاش اصلی گروه وانیار، انتشار دورههای کاربردی و انتقال تجربه آنالیز داده به جامعهی علوم زیستی است. گروه وانیار مثل هر گروه مهارت محور دیگری سعی بر دوری از آفت مدرکگرایی دارد. مهمترین مدرک پس از پایان دوره مهارت عملی است که فراگیر در آنالیزهای بیوانفورماتیک پروتئین کسب نموده است.
کاربرانی که دوره را تکمیل نمایند گواهی پایان دوره را دریافت میکنند. گواهی پایان دوره شامل یک فایل PDF منحصربهفرد و یک فایل دارای QR Code و لینک دائمی به سایت گروه بیوانفورماتیک وانیار است.
در صورت اسکن QR Code توسط فراگیر یا فرد دیگری، گواهی الکترونیکی قابل مشاهده خواهد بود. این صفحه به صورت دائمی در سایت وانیار به اسم فراگیر موجود است و علاوه بر گواهی الکترونیکی شامل سرفصلهای سپری شده و مهارتهای کسب شده توسط فراگیر است بنابراین دانشجو میتواند برای مصاحبههای داخلی یا خارجی اقدام به ارسال رزومه خود نماید. لینک صفحه الکترونیکی نیز به پیوست فایل PDF برای فراگیر ارسال خواهد شد.
گروه وانیار دوره بیوانفورماتیک پروتئین را در 10 فصل ارائه میکند. سرفصلها به صورت گامبهگام و کاربردی هستند و بهنوعی برگرفته از تجربه اعضای تیم در حوزهی تحلیل توالیهای پروتئینی میباشند. هر فصل به تعدادی درس تقسیم میشود تا فراگیران به صورت مفهومیتر با شیوهی آنالیز پروتئینها آشنا شوند.
مدتزمان هر درس کمتر از 30 دقیقه است، چراکه بر مبنای تحقیقات مختلف 30 دقیقه ابتدای آموزش زمان طلایی برای یادگیری دانشجویان میباشد. وانیار برای افزایش عمیق یادگیری علاقهمندان، این اصل را در اولویت قرار میدهد.
فصل اول شامل چهار درس میباشد. در درس اول واحدهای تشکیل دهنده پروتئینها را بررسی میکنیم و با خواص کلی آمینواسیدها آشنا میشویم. با ورود به درس دوم به سراغ خواص فیزیکوشیمیایی آمینواسیدها میرویم و مفاهیم اساسی این بخش را در شیمی حیات مرور میکنیم. در درس سوم با بیوسنتز پروتئینها فرامیگیریم. درس چهارم شامل روشهای آزمایشگاهی کار با پروتئینها است. آشنایی با این روشها به درک روشهای بیوانفورماتیکی و محاسباتی در این حوزه کمک میکند.
فصل اول دوره بیوانفورماتیک پروتئین برای کاربرانی که از رشتههایی همچون مهندسی کامپیوتر، فناوری اطلاعات و علوم کامپیوتر به دوره بیوانفورماتیک پروتئین وارد میشوند بسیار کاربردی و مهم است.
در فصل دوم دوره بیوانفورماتیک پروتئین با بانکهای اطلاعاتی پروتئین و اصول استفاده از آنها آشنا میشویم. این فصل شامل سه درس میباشد. در درس اول و دوم با بانکهای اطلاعاتی مهم در زمینه مطالعه پروتئینها آشنا میشویم و شیوه بررسی نتایج در این بانکهای اطلاعاتی را فرا میگیریم.
با ورود به درس سوم به سراغ نرمافزار BLAST میرویم و یاد میگیریم که چطور از این الگوریتم مکاشفهای برای جستجو در بانکهای اطلاعاتی مختلف استفاده کنیم. در طول این آموزش بانکهای اطلاعاتی بزرگ و معتبری مانند NCBI، PDB، UniProt و AlphFold را معرفی میکنیم و نحوه استفاده از آنها را آموزش میدهیم.
در فصل سوم دوره بیوانفورماتیک پروتئین با سطوح ساختاری پروتئینها آشنا میشویم. در این فصل یاد میگیریم که ساختار اول پروتئین را آنالیز کنیم. ابزارهای مختلفی برای آنالیز ساختار اول پروتئین که در واقع همان توالی آمینواسیدی است، وجود دارد.
شناخت ابزارهای آنالیز ساختار اول پروتئین این امکان را فراهم میکند که بتوانیم خواص فیزیکوشیمیایی یک پروتئین را به صورت کامل تعیین کنیم و این امر در تعیین ساختار دوم و سوم پروتئین دارای اهمیت میباشد.
در فصل چهارم با ساختار دوم پروتئین آشنا میشویم. ابزارهای تعیین ساختار دوم پروتئین را در درس اول بررسی میکنیم. در درس دوم با پایگاههای ردهبندی سلسله مراتبی ساختاری پروتئینها آشنا میشویم، همچنین تعیین دومین (domain) در پروتئینها را با مثال عملی بررسی میکنیم.
در فصل پنجم دوره بیوانفورماتیک پروتئین با روشهای تعیین ساختمان پروتئین آشنا میشویم. این فصل شامل سه درس می باشد. در درس اول به سراغ روشهای تعیین ساختمان پروتئین میرویم که شامل روشهای آزمایشگاهی و بیوانفورماتیکی است. روشهای بیوانفورماتیکی در فصلهای بعدی به صورت عملی بررسی خواهند شد.
در درس دوم پایگاه PDB معرفی میشود و شیوه استخراج ساختار پروتئینی را از این پایگاه فرا خواهیم گرفت. با ورود به درس سوم پایگاه AlphaFold به عنوان یکی از بزرگترین دستاوردهای بیوانفورماتیک در سالهای اخیر بررسی میشود. آلفافولد شامل ساختارهایی است که با روش های هوش مصنوعی تعیین شدهاند. شیوه استخراج ساختارهای مختلف از این پایگاه را یاد میگیریم.
در فصل ششم به سراغ تعیین ساختمان پروتئین با روش همولوژی میرویم. این فصل شامل سه درس است. پروتئینهایی که دارای جد مشترک بلافصل و تشابه توالی بالا هستند را با این روش میتوان تعیین ساختار نمود.
در فصل هفتم تعیین ساختمان پروتئین با استفاده از روش بندکشی را فرا میگیریم. این فصل شامل سه درس میباشد در درس اول تعیین ساختمان پروتئین با استفاده از روش بندکشی را به شکل عملی پیش خواهیم برد.
روش بندکشی علاوه بر پروتئینهای همولوگ از پروتئینهای آنالوگ هم برای تعیین ساختار نهایی پروتئین بهره میگیرد. در درس دوم نرمافزار MMV برای بررسی ساختار پروتئینها معرفی میشود و در درس سوم نرمافزار DS Visualizer معرفی میشود.
در فصل هشتم روش تشکیل از ابتدا (ab initio) در تعیین ساختار پروتئینها بررسی خواهد شد. تشکیل از ابتدا یک روش تعیین ساختار پروتئین است که از هیچ الگویی استفاده نمیکند. این روش بر این اصل استوار است که تمام اطلاعات ساختار پروتئین در توالی آمینواسیدی آن موجود است.
در فصل نهم روشهای ترکیبی تعیین ساختار پروتئین را برسی میکنیم. در این فصل به سراغ ابزارهایی می رویم که بصورت همزمان از چند روش تعیین ساختمان پروتئین استفاده میکنند این امر در موارد خاص دقت تعیین ساختمان پروتئین نهایی را افزایش میدهد.
در فصل پایانی دوره بیوانفورماتیک پروتئین به سراغ ارزیابی مدل میرویم. مرحله نهایی در تعیین ساختار پروتئین با استفاده از روشهای آزمایشگاهی یا بیوانفورماتیکی، ارزیابی مدل ساخته شده است.
در نهایت یک فایل PDB از ساختمان سه بعدی پروتئین وجود دارد که ارزیابی و بررسی کیفیت آن بسیار مهم است. کاربران در فصل دهم بهبود و افزایش کیفیت مدل را فرامیگیرند.
دوره بیوانفورماتیک پروتئین یک دوره جذاب و کاربردی است که به صورت عملی و گامبهگام تمامی مفاهیم مورد نیاز برای آنالیزهای بیوانفورماتیکی یک پروتئین را به کاربران آموزش میدهد. پشتیبانیقوی 24/7 ، حل تمرینهای متعدد تحت نظر مدرس دوره، محیط جذاب LMS وانیار، گواهی الکترونیکی با تایید دائمی از سایت وانیار و انتقال تجربه از گروه وانیار به فراگیران، این دوره را از دورههای مشابه بیوانفورماتیکی متمایز میکند.
تیم وانیار به تمامی علاقهمندانی که قصد ورود قدرتمند و اصولی به حوزهی طراحی دارو، طراحی واکسن و مهندسی پروتئینها را دارند، توصیه میکند در دوره بیوانفورماتیک پروتئین شرکت کنند و از یادگیری این دوره برای تقویت مهارتهای فردی خود لذت ببرند :)))
گروه بیوانفورماتیک وانیار امکان آنالیز و مدلسازی ساختمانی پروتئینهای مختلف را برای فعالین عرصه درمان و صنعت دارویی فراهم کرده است. در صورتی که نیاز به مشاوره و تعیین ساختمان پروتئین مجهول ساختار را دارید، میتوانید از صفحه مدلسازی ساختمان پروتئین وانیار بازدید نمایید.
بیوانفورماتیک پروتئین یک دوره بنیادی با کاربرد گسترده در حوزههای متنوع علوم زیستی است. دانشجویان از رشتههای مختلفی مخاطب این دوره آموزشی هستند:
گرایشهای مختلف زیستشناسی، زیستشناسی سلولیومولکولی، بیوانفورماتیک، بیوتکنولوژی، ژنتیک، بیوشیمی، فیزیولوژی، علوم تشریحی و پزشکی بازساختی، نانوبیوتکنولوژی، داروسازی، پزشکی، دامپزشکی، ویروسشناسی، باکتریشناسی، ایمنیشناسی، قارچشناسی و گرایشهای مختلف مهندسی کشاورزی
الزامات دوره بیوانفورماتیک پروتئین به شرح زیر است:
فراگیران باید در تمامی اتاق درسها و جلسات دوره شرکت کنند و فرآیند یادگیری را تکمیل نمایند.
فراگیران باید تمامی تمرینها و تکالیف دوره را با دقت انجام دهند و برای کارشناس ارسال نمایند تا به تایید مدرس برسد.
شرکت در آزمون میانترم و پایانترم، و کسب حداقل نمره تعیینشده، نیز برای تکمیل دوره ضروری است.
بیوانفورماتیک پروتئینها از جمله پرکاربردترین بخشهای بیوانفورماتیک است و این موضوع به دلیل گستردگی حضور مولکولهای پروتئینی در مکانیسمهای مختلف حیات میباشد.
کاربران با شرکت در دوره بیوانفورماتیک پروتئین مهارتهای زیر را کسب خواهند نمود:
برای شرکت در دوره بیوانفورماتیک پروتئین، کافی است که بر روی گزینه ثبتنام کلیک کنید و مراحل ثبتنام را در عرض چند ثانیه تکمیل نمایید.
بله، بسیاری از مراکز تحقیقات توسعه در حوزهی مهندسی پروتئین، شرکتهای بیوتکنولوژی و شرکتهای دارویی نیازمند افرادی با مهارت در حوزه بیوانفورماتیک پروتئین هستند. بنابراین فراگیری این حوزهی پرکاربرد، فرصتهای ورود به بازار کار را افزایش خواهد داد.
بله، شرکتکنندگان در دوره پس از اتمام دوره و ارسال تمامی تکالیف برای مدرس و شرکت در آزمونها، گواهی پایان دوره را دریافت میکنند.
بله، فراگیران با شرکت در دوره پروتئین مهارتهای آنالیزی خود را افزایش میدهند و فرصتهای تحقیقاتی مناسبی را در داخل و خارج از کشور خواهند داشت.
مدت پشتیبانی دوره 5 ماه از تاریخ ثبتنام هر داوطلب است. بازه پشتیبانی از لحظه ثبتنام برای هر کاربر در نظر گرفته میشود، در صورت اتمام زمان پشتیبانی و نیاز به پشتیبانی مجدد فراگیر میتواند از پیشخوان کاربری خود در سایت وانیار مدت زمان پشتیبانی را تمدید نماید.
بله پس از اتمام مدت پشتیبانی دسترسی به محتوای آموزشی دوره همچنان ادامه دارد.
هر گونه سوالی دارید، تیم ما آماده پاسخگویی میباشد.
برای برقراری ارتباط بر روی آیکن مورد نظر کلیک کنید. پشتیبانی 24/7