پلن های مدل سازی RNA

استفاده از ساختار سه بعدی اسیدهای نوکلئیک از جمله RNA ها در بسیاری از مطالعات بیولوژی ساختاری مورد نیاز است. RNA به عنوان مولکولی رابط علاوه بر نقش های بیان ژن نقش های ساختاری مهمی را بر عهده دارد.

از پروژه هایی که نیازمند ساختار می باشند می توان به توسعه داروهای جدید در مهار microRNA ها اشاره کرد، همچنین بسیاری از سنسورهای زیستی بر پایه ی اسیدهای نوکلئیک ساخته شده اند که به منظور بررسی محاسباتی برهمکنش آن ها با هدف مورد نظر تعیین ساختار سه بعدی این سنسورها اهمیت دارد.

از سوی دیگر تعیین ساختار سه بعدی rRNA و tRNA در برخی از مطالعات بیوتکنولوژی ضروری است.

روش های آزمایشگاهی چون NMR، X-ray crystallography و Cryo-EM برای تعیین ساختار سه بعدی اسیدهای نوکلئیک به صورت تجربی استفاده می شوند. این روش ها با داشتن دقت بالا ساختار سه بعدی اسیدهای نوکلئیک را تعیین می کنند اما این روش ها زمان بر بوده و هزینه های بالایی را می طلبند.

در اغلب موارد توالی موجود است و با توجه به محدود بودن زمان، نیاز به روش های محاسباتی برای تعیین ساختار سه بعدی احساس می شود.